Ideą przewodnią, inspirującą prace badawcze ks. Hellera jest poszukiwanie pomostów, które pozwoliłyby zespolić dorobek nauk przyrodniczych z osiągnięciami filozofii i teologii w spójnej wizji świata. Idea ta przewija się w wielu publikacjach książkowych LAUREATA, ukazując z jednej strony filozofię otwartą na nowe odkrycia nauk przyrodniczych, z drugiej zaś dążąc do poszukiwania humanistycznego kontekstu nauk przyrodniczych. Pozostaje ona szczególnie bliska wizji intelektualnej ukazanej przez Ojca Świętego Jana Pawła II w liście do George`a Coyn`a, dyrektora Obserwatorium Watykańskiego wystosowanym z okazji 300-lecia wydania Principiów Newtona. Odpowiadając na propozycje zawarte w tym liście, ks. Heller inspirował zapoczątkowanie w PAT tzw. wykładów Coyne`a , poświęconych relacjom między nauką i wiarą. Są one prowadzone każdego roku na Wydziale Filozoficznym PAT przez zaproszonych z zagranicy wykładowców.

Pełniąc obowiązki kierownika katedry filozofii przyrody nieożywionej na Wydziale Filozoficznym PAT oraz rektora Instytutu Teologicznego w Tarnowie, kierując Ośrodkiem Badań Interdyscyplinarnych oraz organizując Krakowską Grupę Kosmologiczną, ks. Heller troszczy się o bliską więź przedstawicieli nauk przyrodniczych z chrześcijańską tradycją intelektualną i w ten sposób przezwycięża negatywne elementy dziedzictwa pozytywizmu, w którym miejsce wzajemnej współpracy zajmowała nieufność i wrogość. Dorobek Księdza Profesora Michała Hellera z dziedziny fizyki, w którym szczególnie cenione są prace dotyczące osobliwości kosmologicznej, prezentowany jest na łamach prestiżowych periodyków poświęconych teorii względności i mechanice kwantowej. Założone w Arizonie pismo "Philosophy in Science" ma na celu podejmowanie zagadnień światopoglądowych, które pojawiają się we współczesnym dialogu z filozofią. Popularyzatorskie prace Profesora Hellera dotyczące ewolucji kosmicznej, początkowych stadiów rozwoju wszechświata, humanistycznego wymiaru nauki ukształtowały już mentalność wielu przyrodników, którzy dzięki nim mogli uniknąć nieuzasadnionych uprzedzeń wobec chrześcijaństwa. Fizycy cenią go za umiejętność zastosowania najnowszej aparatury matematycznej do skomplikowanych zagadnień fizyki związanych z kwantowaniem grawitacji. Matematycy podziwiają Jego umiejętność zastosowania w fizyce abstrakcyjnych pojęć.

Wymienione kierunki inicjatyw badawczych są istotnym wkładem w rozwój współczesnej nauki. Te zasługi Profesora Hellera, najczęściej nie dające się zmierzyć, są nie do przecenienia.